La détection précoce se fonde sur les piliers suivants : des réseaux internationaux, des systèmes de surveillance institutionnalisés, des réseaux de laboratoires performants, des centres de référence nationaux, la vigilance des médecins et des vétérinaires ainsi qu’une collaboration transversale selon l’approche One Health (« Une seule santé »).
Objectifs de la détection précoce
L’accent est mis sur la détection précoce de :
nouveaux variants préoccupants d’agents pathogènes endémiques à potentiel pandémique ;
nouveaux agents pathogènes ou de nouvelles maladies chez l’être humain ou chez l’animal ;
l’adaptation à l’être humain d’agents pathogènes présents chez l’animal et à l’origine d’épidémies (zoonoses).
La détection précoce vise à fournir le plus rapidement possible des informations, afin d’identifier les menaces ou flambées dues à de tels agents pathogènes, de les confirmer ou de les écarter ainsi que de les endiguer ou de les atténuer. Elle permet en particulier de mener sans délai une gestion des cas et des contacts et de planifier les mesures de contrôle des infections chez l’être humain et chez l’animal.
Piliers de la détection précoce
Les éléments ci-après sont indispensables à la détection rapide de maladies dites émergentes, qu’elles soient natives ou importées.
Les réseaux internationaux dans les domaines humain et animal (OMS, OMSA, ECDC, EWRS, HSC, GOARN, GISRS+ et CDC ainsi que les centres collaborateurs OMS).
Des systèmes de surveillance institutionnalisés (voir Surveillance des agents pathogènes) tels que le système de déclaration obligatoire, par les médecins et les laboratoires, des pathogènes à potentiel pandémique, des augmentations de cas, des résultats exceptionnels et des flambées ainsi que le monitorage des eaux usées et la surveillance syndromique (Sentinella).
Des réseaux de laboratoires et centres nationaux de référence performants ou d’autres centres de compétence (avec surveillance génomique).
Une collaboration et une coordination transversales (One Health [« Une seule santé »]) entre Confédération, cantons, médecins, vétérinaires et autres acteurs.
Préparation à une pandémie
Des systèmes de surveillance et des centres de référence institutionnalisés permettent de détecter de manière précoce les maladies dites émergentes. Lorsque la présence de telles maladies est avérée, les autorités compétentes prennent les mesures qui s’imposent. Il est alors indispensable que les informations circulent rapidement entre les parties prenantes.
En Suisse, les centres de référence mandatés par l’Office fédéral de la santé publique (OFSP), tels que le Centre national de référence pour les infections virales émergentes (CRIVE) ou le Centre national de référence Influenza (CNRI), se fondent sur la surveillance génomique pour suivre le développement de nouveaux variants d’agents pathogènes connus. Si de nouveaux variants sont mis en évidence chez l’être humain, les autorités compétentes doivent prendre les mesures de gestion des contacts qui s’imposent (voir Gestion des cas et des contacts). Le monitorage des variants d’agents pathogènes dans les eaux usées (SARS-CoV-2) fournit des informations complémentaires sur le sujet, mais ne permet pas la gestion des contacts.
En cas de suspicion de maladie émergente ou de nouvel agent pathogène, les médecins ou les laboratoires doivent faire analyser des échantillons au CRIVE, au Centre national de référence pour les bactéries hautement pathogéniques (NBHP) ou au centre de référence pour l’agent pathogène en question (p. ex. le Centre national de référence Influenza). Les résultats exceptionnels ou les flambées doivent être déclarés en vertu de l’ordonnance sur la déclaration d’observations en rapport avec les maladies transmissibles de l’homme (ODMT).
Grâce à des réseaux internationaux, l’OFSP est tenu au courant en cas d’apparition, à l’étranger, de maladies ou d’agents pathogènes émergents ou encore de flambées.
Aux premiers signes d’alerte de l’apparition de maladies ou d’agents pathogènes émergents à l’étranger ou aux premiers cas en Suisse, le régime de déclaration obligatoire de l’agent pathogène ou de la maladie en question entre en vigueur (voir Surveillance des agents pathogènes, système de déclaration obligatoire). Les informations sur les premiers cas en Suisse ou à l’étranger permettent de définir les premiers critères relatifs aux cas suspects, au prélèvement d’échantillons, au dépistage et aux déclarations dans le cadre du système de déclaration obligatoire.
Si des animaux sont infectés par l’agent pathogène émergent ou le transmettent (en lui servant de réservoirs), la surveillance et la déclaration obligatoire doivent également être introduites pour ces animaux-là.
Les agents pathogènes provoquant des épidémies chez l’animal et susceptibles de se transmettre à l’être humain doivent être suivis chez l’animal au moyen d’une surveillance active, passive ou d’un autre type adéquat. En cas de suspicion de transmission d’une telle zoonose à l’être humain, les autorités compétentes procèdent de manière coordonnée à des diagnostics de laboratoire chez l’animal ou l’être humain contaminé. Pour l’animal, le diagnostic se fait à l’Institut de virologie et d’immunologie (IVI) ou dans un autre centre de compétence, sur mandat de l’Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OSAV). Pour l’être humain, il est confié au CRIVE, au CNRI ou au NBHP, selon l’agent pathogène.
Les autorités concernées doivent se transmettre les informations de la manière la plus rapide et la plus automatisée possible, tout en respectant les dispositions légales en la matière. Pour ce faire, elles mettent en place les processus nécessaires. Sur la base de ces informations, elles confirment ou écartent rapidement le soupçon de transmission de l’animal à l’être humain, afin de prendre les éventuelles mesures nécessaires chez l’animal ou l’être humain, ou d’adapter les mesures déjà en place, telles que la gestion des contacts.
Gestion d’une pandémie
Au début d’une pandémie, l’accent est mis sur la détection précoce de tous les cas, afin d’endiguer ou de freiner son évolution. Par la suite, il se déplace sur la détection précoce de variants préoccupants.
Pendant la phase initiale de la pandémie, la priorité va à la détection précoce de tous les cas humains, natifs comme importés. Cette détection passe par l’obligation de déclarer l’agent pathogène ou la maladie en question, qui doit être introduite au plus tard à ce moment-là (voir Surveillance des agents pathogènes, système de déclaration obligatoire). C’est sur la base de ces déclarations que sont ensuite prises les mesures de gestion des cas et des contacts visant à endiguer ou à freiner la pandémie.
Pendant la phase pandémique, la phase de stabilisation ou après la suppression des mesures de gestion des contacts, l’accent est mis sur la détection précoce de nouveaux variants aux propriétés préoccupantes (variants of concern, VOC). Il s’agit là de variants présentant une forte contagiosité ou ayant le potentiel de déclencher des maladies graves ou de déjouer le système immunitaire (résistance aux anticorps).
Pour ce faire, on procède au séquençage des agents pathogènes dans les échantillons remis aux laboratoires pour diagnostic et éventuellement aussi dans des échantillons d’eaux usées (voir Surveillance des agents pathogènes, monitorage des eaux usées et Surveillance génomique). L’OFSP introduit ou modifie cette surveillance, selon les possibilités et les besoins.
Les échantillons remis aux laboratoires pour diagnostic peuvent provenir par exemple de centres de référence qui les reçoivent dans le cadre de la surveillance Sentinella ou en raison de l’obligation faite aux laboratoires d’envoyer ces échantillons (en vertu de l’ODMT).
Il convient de clarifier avec les centres de compétence pour le monitorage des eaux usées s’il est possible de procéder à une surveillance génomique de ces eaux. Pour ce faire, il faut notamment, d’une part, que l’agent pathogène soit excrété et qu’il puisse être observé dans les eaux usées et, d’autre part, qu’il soit possible de définir une méthodologie pour le séquençage et l’analyse bio-informatique des résultats.
La détection précoce de nouveaux variants peut imposer des mesures non pharmaceutiques à la population, afin d’atténuer les vagues d’infection.
